• Baş Direktor
    • Baş direktorun təşkilatı məsələlər üzrə müavini
      • Təşkilat və sosial gigiyena monitorinqi şöbəsi
      • Laboratoriya sınaq mərkəzi
        • Bakteriologiya laboratoriyası
        • Virusologiya laboratoriyası
        • Nümunələrin qəbulu və nəticələrin verilməsi şöbəsi
        • Sanitariya-gigiyena, fiziki-kimyəvi, toksikoloji və radioloji müayinələr üzrə laboratoriya
        • Toksikoloji-kimyəvi müayinələr üzrə Referens laboratoriyası
        • QİÇS laboratoriyası
        • Parazitologiya laboratoriyası
    • Baş direktorun sanitariya-gigiyena məsələləri üzrə müavini
      • Sanitariya-gigiyena şöbəsi
        • Radiasiya gigiyenası bölməsi
        • Kommunal gigiyena bölməsi
        • Uşaq və yeniyetmələrin gigiyenası bölməsi
        • Xəbərdaredici sanitariya nəzarəti bölməsi
        • Toksikologiya və əmək gigiyenası bölməsi
    • İnsan resursları şöbəsi
    • Hüquq məsləhətçisi
    • Baş direktorun epidemioloji məsələləri üzrə müavini
      • Epidemiologiya şöbəsi
        • Hava-damcı infeksiyaları bölməsi
        • Xəstəxana daxili infeksiyalar bölməsi
        • Bağırsaq infeksiyaları bölməsi
        • İmmunoprofilaktika bölməsi
      • Profilaktik dezinfeksiya şöbəsi
      • Xüsusi təhlükəli infeksiyalar şöbəsi
      • Ocaqlı dezinfeksiya
      • Paraziologiya şöbəsi
      • Entomologiya bölməsi
    • MM qərargahının rəisi
    • Baş direktorun iqtisadi məsələləri üzrə müavini